O Colégio Equipe teve início no final de 1968, atuando inicialmente como curso preparatório para o vestibular. Era formado por professores que haviam saído do Cursinho do Grêmio da Filosofia da USP.

Desse núcleo, formou-se, em 1972, o Colégio Equipe, que, três anos mais tarde, ampliou sua atuação incorporando as séries do antigo ginásio (5a à 8a).

Em 1994, passou a trabalhar também com estudantes da educação infantil e do ensino fundamental I (1a à 4a série). Hoje o colégio também oferece ensino médio, etapa final da educação básica.

Espaço privilegiado de ensino e resistência democrática nos anos de autoritarismo, o Colégio Equipe foi uma referência importante no processo de abertura política do país, através de seus posicionamentos e, principalmente, de seu trabalho educacional fundamentado no pensamento crítico e participativo de estudantes e professores.

Parte da equipe de professores do núcleo inicial continua hoje na direção pedagógica da escola e em sala de aula, incorporando os novos educadores no método de ensino-aprendizagem do colégio.